MobSync

http://d.hatena.ne.jp/kzou/
http://d.hatena.ne.jp/Arie/

あたりからたどって見つけました。

MobSync

PocketPCのActiveSyncはRAM上のMyDocumentsだけしか同期できません。それを補完できるソフトウェアです。
SDカード上のファイルも同期出来るようになりPocketPCの使い勝手がかなり上がりそうです。
今は2++のLogをActiveSyncで同期しているのですがRAMを圧迫するため過去ログは削除している状況ですので、これでうまくいくようだったらLogの保存場所を変更したいと思います。

出来ればActiveSyncと同時に同期してくれるようになると便利なんですけどね。