jetAudioと携帯動画変換君で試してみました。
当然、両方再生は問題ありません。
でも両方少々問題ありですね。
jetAudioは変換に非常に時間が掛かります。ソースの1.2倍ぐらい掛かるかなぁ（VaioTypeUの場合です。）携帯動画変換君と比較するとかなり遅く感じます。
携帯動画変換君はD2で再生すると時間表示がおかしくなってしまいますね。4倍ぐらい？1時間のファイルが4時間ぐらいで認識されます。再生されないとかでは無いので、気にしなければ済むのですけどね。
どっちかというとお手軽な携帯動画変換君を使うことが多いでしょうね。
